衛星軌道上のコスモベースが擬態獣に襲撃された。コスモベース隊長の娘で、オペレーターを務めていた１２歳のルウ・ルーは、父親の機転により、ただひとり地球へ脱出させられてしまう。天涯孤独の身となったルーは、猿渡家の新たな家族となった。さらに杏奈は、倒した擬態獣の中から発見され秘密裏に保護されていた、ミラの存在を知ってしまった。ミラがネオオクサーの元パイロットだと知って、ゴオに病室から引き取ることを提案する杏奈。かくして猿渡家には、居候がもうひとり増えることになったのだが…様々な人々の想いをのせて“ゴーダンナー”は擬態獣に立ち向かう！人気沸騰中のロボットアニメ第２弾。