ブレードガイナーに敗れ去った、ゴーダンナーと猿渡ゴオ。ゴオは敗北のショックから戦争神経症になってしまう。そんな時、種子島に擬態獣が出現したが、ゴーダンナーは修理中でゴオも出撃不能！ただひとり出撃していく静流…そして、ピンチに陥ったコアガンナーを救援に向かったゴオが見た光景とは！？事件のショックで北の町をさすらう杏奈。同時多発的に出現する擬態獣！搭乗員を失ったネオオクサー出撃のため、ミラ・アッカーマンが再びネオオクサーに搭乗する！五年前の“巨神戦争”の惨劇が蘇るのか！！セカンドシーズン突入の大人気ロボットアニメ怒濤の第三弾。