高校生・冨士山キヨタカは、ちょっと目つきが悪いだけの、平凡な高校生…のはずだった。だけど、ある日夢の中（？）で不思議な体験をしてから、キヨタカの日々は一変した。フードを被ったお子様体型のクラスメイト・穂村ハルマに下僕になれと命令され、よく分からないままに謎の箱を開けるための儀式の手伝いをさせられることになる。箱を開けることには成功するが、そこから飛び出した何かはキヨタカと融合してー「“災厄”封印兵器、パンドラです。よろしくお願いします」災厄っていったいなにごと！？学園魔術（？）コメディ開幕。