シティ・神戸消滅から３ヶ月。北米のシティ・マサチューセッツは、簡易型「魔法士」量産に成功した研究機関「ウィザーズ・ブレイン・ファクトリー」と軍の、共同統治下にあった。「ファクトリー」の「魔法士」ディーは、破壊活動を行う遠距離攻撃型魔法士「光使い」を追ううち、セラという少女と出会い惹かれ合うようになる。セラの母マリアが自分の追う「光使い」とも知らずに…。その頃、かつて最強と謳われた「黒衣の騎士」黒沢祐一は、一通の手紙を手に、シティ・マサチューセッツを訪れる。滅亡へ向かう近未来を舞台に、物理法則すら操る「魔法士」たちの戦いを描く人気シリーズ第３弾。