第４の「稀存種」としての能力に目覚め、機械都市バベルでケモノ殱滅のためのウエポンとして慣れない生活を始めたルナ＝イル。そして、前回の戦闘で負傷したため、降格してしまった変異種の少女シオン。二人は共に真の能力を発揮できず、苦悩の日々を送っていた。だが、その背後では、彼らが護るべき「村」とエデン本部とを同時に襲う大きな異変が起こりつつあった…。かつてエデンに存在していた「繭」の力とは？そして、その影に蠢く新たな「稀存種」とは？「ルナティック・ムーン」待望の続編。