学園都市の新学期初日。それは、上条当麻が通う学校に“謎の転校生”が現れた日で、インデックスにはじめて「ともだち」ができた日で、御坂美琴がインデックスと初対面した日で、二人に板挟みになった上条があいかわらず不幸だった日で、その一部始終を傍観していた白井黒子が上条に嫉妬した日で…そして、学園都市にとある魔術師が襲来した日だった！“謎の転校生”、「ともだち」、とある魔術師。特別警戒宣言下の学園都市で科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まるー。