原子の重心の運動を取り扱うときには、古典力学の運動方程式に従って運動する粒子と考えることができる。そして、個々の粒子の運動の詳細がわかれば、統計力学の考え方を用いて巨視的に見たときの粒子集合体の性質を評価することができる。分子動力学法では、このようなごく素直なものの見方に立って、無理なモデル化を行わずにできる限り実体としての物質の状態をとらえようとする。その代償として、きわめて多数の粒子の複雑な運動をどのようにして追跡するかという問題に直面するが、それには発展が著しいコンピュータ・パワーを活用することで立ち向かう。もう一つ、原子間に作用する力をどのようにして求めるかという問題が残る。これは、本来量子力学の理論で解決できる問題であるので、建前論を排していかにして実用的な意味で精度の高いシミュレーションを実施するかという問題として顕在化する。この二つの点について、できる限り平易に解説するのが本書の目的である。