西暦２３０１年、水に囲まれたネオ・ヴェネツィアで水先案内人として一人前を目指す灯里たちは、ある日訪れた古い劇場で幻の歌劇「水の妖精」を上演させようと資料を探す少年・アッシュに出会う。彼を手伝うことになった灯里たちは、同じく劇場で出会ったアデリーナと名乗る女性が「水の妖精」に関係していることを知るのだがー…。水の星を舞台に繰り広げられる、一遍の歌劇に秘められた出会いと別れ…。アッシュと灯里たちは、無事上演を果たすことが出来るのか。