世界の危機を乗り越え、想い人との絆をより強くした、あるいは真の想い人を見つけた退魔生徒会の面々。しかし、世界の命運をかけた戦いは、目前に迫っていた。ついに実験に成功した大月先生のプラズマ式タイム・トンネルにより、ヨハンは第二次大戦末期の伯林（ベルリン）へと向かい、ヒットラーの救出を目論む。さらに、卒業式前夜、世界を滅ぼすために「真実のニュクス」が月より飛来する。退魔生徒会の面々は、歴史の改変と世界の破滅を阻むことができるのか！？ゆるゆる〜っと続いてきた『真・女神転生ＴＲＰＧ魔都東京２００Ｘ』リプレイ・シリーズ、ついに最終巻。