遺伝子に潜むウイルスによる新人類の誕生から１２年、において感情を理解し、動くそばかすで語り、ふたつのことを同時に話すー旧人類にとって“ウイルス・チルドレン”と呼ばれるその子供たちは明らかに異質な存在だった。政府が隔離政策を進めるなか、原因ウイルスを発見した分子生物学者ケイと考古学者ミッチは１１歳になる愛娘ステラと共に長い逃亡生活を送っていた。だがある朝、ステラは突然姿を消してしまう…。その頃、各地の収容施設で多くの子供たちが相次いで死亡する事態が発生。病因特定を依頼されたウイルスハンターのディケンは、みずから導き出したありえないウイルス発生源の可能性に衝撃を受ける…。