死の煙の秘密を暴き、国家の危機を救ったのもつかの間、シャーロックのもとに新たな事件が舞い込んだ。終結を迎えたアメリカ南北戦争も、いまだ火種はくすぶり、敗れた南部側では独立を求めてひそかに抵抗を呼びかける者がいた。その首謀者として名があがったのは、リンカーン大統領の暗殺犯、ジョン・ウィルクス・ブース。射殺されたはずの彼が、生きている？-。少年シャーロック・ホームズの、第二の冒険がはじまる。