リオがつくった飛行戦艦アルゴ２号は、ユピテル訓練所側の急襲や、宿敵ガイアが操る亡霊、怪物たちに行く手を阻まれながら、「死の扉」と、それを探して行方不明になったニコを追ってローマを目指す。一方、アナベスは、母アテナから命じられた秘密の、そしてかつてだれも成功したことがない危険な使命に立ち向かわなければならない。はたしてその使命とは！？深まる謎に、目が離せない！