日本側についた仏伊艦隊の活躍によって米艦隊は後退し、真珠湾には一時的に太平洋方面の敵戦力が集中した。そこを新造した大型空母「信濃」を中心とする第一航空艦隊が強襲。世界初の空母機動部隊による攻撃が始まった。快進撃を続ける連合艦隊司令部はこの機を逃さず、ミッドウェー作戦を決行する。一方、新型戦闘機Ｆ６Ｆを完成させた米軍は、新機動部隊を編成し反撃。絶対的自信を持っていた零戦を、次々と撃墜していく。超大国が牙を剥き始めた瞬間だった。窮地に追い込まれる連合艦隊は、米新型戦闘機に対抗すべく零戦後継機「烈風」の開発を急ぐのだが…。