超人登録法を巡ってスーパーヒーローが分裂する中、既に政府の監視下にあったＸ-ＭＥＮは、事態の静観を決断する。しかし、そんなチームの決定をよそに、ウルヴァリンは悲劇の元凶であるスーパービラン、ナイトロに報いを受けさせるべく、独り行動を開始した…。