宿敵ムートーを統べる存在“ムートー・プライム”とゴジラの生死を賭けた戦いが世界を揺るがす！サンフランシスコを廃墟に変えたゴジラとムートーの死闘。だが、戦いはこれで終わったわけではなかった。ムートーの頂点に立つ“ムートー・プライム”のグアム襲撃を皮切りに、有史より続くゴジラとムートー・プライムの争いが再び火蓋を切る。その後を追う特務機関“モナーク”。地球の覇者となるのは、ゴジラか、ムートー・プライムか！？