あらゆるネットワークから隔離された最果ての訓練所がある島、その名も萌えっ娘島。この地に再訓練のため連れてこられた少女型アンドロイドのリニアは、旧型ゆえに体機能やメモリにダメージを受けており、失敗を重ねながらも必死に育成プログラムをこなそうとする。訓練所所長の神崎貴広はそんなリニアを苦々しく見つめていたが、彼女の明るさと真っ直ぐな姿に、次第に心動かされていく。しかし、リニアを萌えっ娘島に連れてきた本部監査室の隷、商品管理部監査室の飯島には、リニア、貴広に絡む密命が下されていたのだった…。