世界平和暦２９年。悪の組織“深淵”と、天空丸絶斗、防人ネオたちの戦いは続いていた。しかし姿を現した超戦艦「萬皇」は絶対無敵、またたく間に各国を蹂躙してしまう。これに対抗するには、ドイツ、イギリス、ロシアの３超が連合するしかないー絶斗とネオは快速號で世界を巡る。だが、トロアジィがこれを見逃すわけもなく、２人の前途に「萬皇」が立ちふさがる。艱難辛苦の末に集結した３超は東京で迎撃の陣を張るが、圧倒的な萬皇の戦力の前に、１隻また１隻と窮地においこまれてゆく…。世界の存亡を賭けた決戦の帰趨やいかに！？科学万能活劇の完結編、いざ参る。