良家子女の通う女子校で生徒会長を務める美少女・瑠璃。彼女は身も心も捧げる養父・四馬樹一郎の元で暗殺者集団の長として育った。その養父の命令で宗教団体・残眼教の本部を襲うが、逆に窮地に陥る。その危機を救ったのは真理夜と名乗る両性具有の少年だった。