第１次シリウス宙戦から半年ー。バーナード星系に逃れた凛斗とレオンは、自軍勢力の充実と新たな作戦への模索をつづけていた。参謀長プラトンの誘いにより、アンナ・テレシコワ率いる女性ばかりの艦隊「サンダーバーズ」が合流する。そこには、レオンの反対を押し切り入隊した娘ライアが乗り込んでいた。自由奔放な父と、母親に捨てられ施設で育った娘。この父娘の間には深い溝があった…。様々な思いが交差する中、凛斗は「独立自由艦隊」を結成。帝都突入作戦を敢行した。