時間航行管理局の執拗な追跡をかわしながら、終戦直後、空襲下の日本、幕末の江戸…と時代をさかのぼってきた信夫たちは、ついに関ヶ原の戦いの直後の時代へ到達する。そこで知り合った武士・平野兵助のたすけを得ながら、再びタイム・スリップした彼らが到達したのは、京都・本能寺！まさに「本能寺の変」前夜のこの時代で、歴史を変えてしまうような出来事が起ころうとしていたのだが。