昭和十二年、上海、人類は初めてエイリアンからの襲撃をうけた。ところが、赤い光を明滅させながら機械のように進む敵兵に対して、海軍陸戦隊の砲撃はおろか、いかなる攻撃もまったく通用しなかったのだ。参謀本部はエイリアンに対抗するために、三体の機神ー「竜神」「雷神」「風神」を製造し、榊大作、真澄公彦、白蘭化（バーレーホー）の三人にこれを託すことになったのだが…。機神兵団対エイリアンの壮絶なる戦いが今始まる。