幼いころからずっと、理樹には４人の仲間がいた。年上でリーダー役の恭介と、その妹の鈴。そして真人と謙吾とは、ずっと楽しいことを共有してきた仲間、リトルバスターズ！だ。成長して同じ学園に通うようになった今でも、恭介がメンバー達をまとめ、ずっと同じように過ごしている。でも…。恭介の卒業が近づくにつれ、理樹の気持ちは少しずつ暗くなり始めていた。そんなとき恭介が突然、野球のメンバーを集めろと言い出した。次々と届く不思議なミッションもあり、理樹は鈴と一緒に新たな仲間捜しを始めてみるのだが…。