あの悪夢のような月食の夜から、数ヶ月の時が過ぎた。一次は存続が危ぶまれた安曇学園はなんとか、持ち直し無事始業式を迎えることが出来た。かけがえのない人の犠牲をもって得た、しばし幸福な時が穏やかに流れる。そんなある日、安曇学園に一人の新任の教師が赴任する。そしてそれは新たは事件の始まりを意味したのだった。大ヒットした「果てしなく青い、この空の下で…。」ファン待望の第二部、堂々と完結。