西暦２０５６年。政府の無力化と科学技術の暴走は、遺伝子テロやハイテク犯罪となって、人々の生活を脅かしていた。事態を憂慮したひとりの慈善家が、スパイ養成学校“スパイーハイ”を創設。卒業生は、テロ活動を未然に防ぐべく、秘密裏に各方面へ派遣されていた。物語の主人公“ボンドチーム”は、スパイーハイの現役生徒６人組。ホームレスから財閥の御曹司まで、その潜在能力を見込まれて選りすぐられた、ミドルティーンの男女混成チームだ。対する相手は、ヒトと動物のＤＮＡを接合し、未知のモンスターを作り出したマッド・サイエンティスト。チームワークに問題を抱え、スパイーハイの卒業すらおぼつかないボンドチームに、はたして勝算はあるのか…。