不治の病に罹った少年・桑折冬至ははずれの森に住む変わり者の魔女・ミーズに出会う。その魔女は対価を払えば、どんな願いでも叶えてくれるが、願いの対価は彼女の気分次第。珈琲を淹れることから、心臓を取られることまで、何を要求されても文句は言えない。冬至の願いを聞いた魔女が伝えた対価はー。「ふふっ、今日から君は私の弟子だ」「へ？」これは『僕』と『魔女のお姉さん』の季節をめぐる物語。