数多の美少女達が通う、名門氷龍胤学園。始業式当日、一人の美少女が学校のトイレで幽霊に襲われた。少女の名は、千葉未ちる。その場は難を逃れるが、翌日またしても魔の手が伸びる。ちょうどその頃、二人の少女が運命の出会いを果たす。前田愛美と伊達祐実。愛美は、陰陽師の末裔である祐実によって、眠っていた力を呼び覚まされ、「ゴースト・ハンター」として戦うことを誓う。二人は、もう一人の仲間・未ちるを脅かす魔化魂を調伏し、ここにゴーストハンター・「美少女クラブ」が結成された。