２０３２年。超集合企業体ゲノムを中心とするメガトーキョーの市街で一体のヴーマが破壊活動を始めた。緊急出動したＡＤポリスをあっさりと全滅させる。そのヴーマの前に現れた噂のヴーマ・ハンター、ナイト・セイバーズ。あっさりとヴーマを倒してしまう。その翌日、市民の知らないところでひとつの事件が起きた。昨日の混乱に乗じて宇宙防空局〈ＵＳＳＤ〉から誘拐された軌道兵器の研究者とその妹を救出する為にナイト・セイバーズが捜査活動を始める。しかし、その事件の裏に……。