今からおよそ３百年前の１６８２年、この時の年号では天和２年、徳川５代将軍綱吉の治世のことである。長い尾を持つ慧星が現われた。それはこの世に災厄をもたらすために長い旅を続けてきた大魔星だった。千年の長き眠りから醒め、この世を闇にせんとする怨魔皇帝。彼を永遠の眠りに封じこめようとする三霊人（晴明公、役行者、空海）。伊賀の忍者芭蕉庵桃青と徳川時代に突如タイムスリップした現代の若者明とミユキ。綱吉の母・妖婦桂昌院。天下の副将軍光圀。様々な人物が入り乱れ、時空を超え、闇と闇の闘いが始まる。