様々な出来事を乗り越え無人島試験も終了。待望の豪華客船での夏休みが始まった。だが試験は多くの爪痕を残し、龍園が小宮を襲撃した犯人探しを開始、他の生徒達も今までとは違う動きを見せ始めていた。そんな中、綾小路の前に３年の桐山が現れる。「おまえの存在は邪魔でしかないんだ綾小路」告げられたのは南雲の変貌。奇怪な行動を取り始め、綾小路１人に対して、３年生全体による『監視』という奇妙な指令が下される。一方で告白に対しての答えを返すため、綾小路は一之瀬との約束の場所に向かいー！？大人気学園黙示録、２年目の夏休みは波乱含み！？