聖女見習いのアイニ・ミッコラがやってきて半年。男子生徒たちはアイニの無邪気で天然な可愛らしさに翻弄され、女子生徒たちはアイニの傍若無人な振る舞いに困惑していた。そんな中、巷で流行の物語になぞらえて「悪役令嬢」と呼ばれる三人の令嬢たちがいた。王太子の婚約者で清廉な侯爵令嬢セラフィーナ。商売で裕福な子爵家の気高き令嬢サンドラ。現宰相の侯爵家の聡明な令嬢ベルナルデッタ。いつしか学園内に不穏な空気が漂い始めた時、彼女たちがついに立ち上がる！アイニの間違いを正し、自らの心のままに進むために。