秋。『全国高校生魔法学論文コンペティション』の季節がやってきた。日頃の研究成果を魔法装置を使った『実演』でプレゼンテーションするこの催し物は、九校戦で成績が振るわなかった学校の雪辱戦とも言える。魔法学、魔法技能、先端魔法技術を披露する最高の舞台だった。『劣等生』司波達也は、第一高校の代表・鈴音のサポートメンバーとして参加、その魔法技能を如何なく発揮していた。時を同じくして、暗躍する組織の影があった。諜報員、同じ魔法科高校の生徒、『大陸』から来た暗殺者…。達也の類い希なる頭脳と能力と、その『成果』を狙い、コンペティションは陰謀に巻き込まれるー。