米国から帰国した真賀田四季は１３歳。すでに、人類の中で最も神に近い、真の天才として世に知られていた。叔父、新藤清二と行った閉園間近の遊園地で、四季は何者かに誘拐される。瀬在丸紅子との再会。妃真加島の研究所で何が起こったのか？『すべてがＦになる』で触れられなかった真相が今、明らかになる。