小学校六年生の陽太と、一風変わった叔父・夜之介。「東京駅」が大改築されることを知り、夏休みの自由研究のテーマに選んだ二人は、駅構内にある幻の霊安室で、血まみれの切断死体を発見してしまう。さらに、宿泊していたステーション・ホテルの一室でも、奇妙な密室事件が！迷宮のごとき東京駅に潜んでいるものは、一体何なのか！？不気味な事件の真相とは…。