胸に勾玉の痣を持つ高校生の天童純は、平安京で出会った水葉に似た少女を追いかけ、長谷寺の弁天窟へ。だが真紅の光を見た純は気を失い、闇に吸い込まれる。遡って鎌倉幕府では、執権の北条時宗が鬼の殲滅を講じていた。一方、刀鍛冶を志す十五歳の王仁丸は鬼の首も斬れる名刀「蛇胴丸」を見ようと、刑場へ向かうが…。