何気ない会話や行動を「フラグ」として認識し、ありきたりな日常をドラマチックに変えてしまう謎の装置“フラッガーシステム”。平凡な高校生・東條涼一は、淡い期待と下心から、そのデバッグテストの参加者（主人公）を引き受けてしまうのだが…両親が海外へ転勤、家出少女といきなり同棲、ツンデレお嬢様とのラブコメ、魔法設定で悪の組織と闘い…ｅｔｃ．やがてフラッガーシステムは「ある意味」感動的なラストへ向けて、涼一が思いもよらない暴走をはじめる。