ある日、はじめたちが登校すると、６年生の各クラスの黒板に謎の文字が記されていた。はじめが暗号を読み解くと、どうやら『どくろ桜』に関するものらしい。花が咲くと、どくろの顔に見えてきみわるがられている『どくろ桜』。その木の下には、どくろ先生に食べられた生徒の骨がたくさんうまっているというー。調査を開始した冒険クラブに、次々と恐ろしいできごとが！小学中級から。