記憶喪失の少年・神代カイルは、世界を救った救世主なのか？カイルはたった一晩で滅亡した都市に残された、唯一の生存者を救出するミッションを与えられる。彼は、人類の最新兵器“リンケージ・ドローン”を操る、学園最強レベルのパイロット・夜見原セロ率いる紫紺分隊とともに都市に潜入。待ち受けるのは、滅亡の謎と生存者の正体、そして自らの記憶に隠された秘密だった！