街の人気者となったスパイダーマンのピーター・パーカー。夏休み、学校の「科学史ツアー」で片想い中の女子・ＭＪと距離を縮めるべくヨーロッパへ向かう。しかし到着したヴェネチアで巨大な水の怪物に遭遇。そこには謎のヒーロー・ミステリオとニック・フューリーも現れ、スパイダーマンを新たな戦いに巻き込んでいく…！スパイダーマンが選ぶのは恋かトニー・スタークから託された「鉄の意志」か、それともー？小学校中級から。