時は大正二十年四月。元憲兵・西村清吉、南洋庁配属初日の朝。目を覚ますと、隣で寝ていたのはなんと裸の美丈夫ー！？幼少期に流星禍で家族を失った清吉はその後軍人として活躍するものの、不慮の事故で脚を悪くし日本統治下の南国パラオにある南洋庁へ異動することとなった。平和な南国で警察官としてのんびり過ごすはずの清吉だったが、アナタハン島にて不可解な連続失踪事件が発生。同僚の美丈夫、栗林ことコンテンロスと金髪の美少年、カスパーと共に、事件解決のために飛行艇で現地へ向かう。しかし、事件は思わぬ方向にー！？