舞台は明治の東京。ほほに十字傷、人を殺めることができない「逆刃刀」を持つ、おだやかな雰囲気の剣客・緋村剣心。しかしその過去は、幕末の動乱期に「人斬り抜刀斎」と恐れられた人物であった。平和な年の瀬に、剣心たちのなじみの料理店が砲撃を受ける。正体不明の敵たちは、つぎつぎと剣心の大切な人たちを狙ってきて…？小学上級・中学から。