豪華客船アフロディーテ号の処女航海に参加することになったコナンたち。その夜のディナーの席ではこの船の設計士、秋吉美波子と、シナリオライターの日下ひろなりと知り合う。翌日、コナンたちが蘭、園子とかくれんぼをしている間に殺人事件が発生！船のオーナー会社社長が部屋で殺され、グループ会社の会長である父親の死体も発見される。コナンたちは犯人を追いつめるが、仕掛けられていた爆弾が爆発！沈みゆく船に蘭が取り残されていると知ったコナンは！？