オール２の見事な成績表をもらい落ち込むアリス。でも明日からは夏休み！ということでクラスメイトで超セレブのリリカから、海の別荘に招待されることに。ししょー（ペンギン探偵！）と少年探偵シュヴァリエ、白兎計太とともに『トロピカル・エクスプレス』で旅をするが、変装が得意な連続窃盗犯パピヨンが列車内で逃げ出すという事件に巻き込まれてしまって！…別荘では「夜の百物語」や「海賊と謎の秘宝」事件も起こり、アリス＆ペンギンは真夏も華麗に事件に遭遇！！