サンフランソウキョウの町を守って大活躍する、ベイマックスとビッグ・ヒーロー６たち。人工ブラックホールの誕生、地球に落ちる小惑星、現れた謎の宇宙人など、次々と起こる難事件にチームメンバーの力をあわせていどみながら、銀河や宇宙の秘密を解き明かしていくのです。