帝都を徘徊し、人に害をなす妖魔怪異を研究・撃退する政府直属の極秘組織『怪奇事象研究室』は、明治初期の発足以来、首都の安寧に努めていた。大正十二年初め頃の術者は…妖物を見つけ出す見魔師・須磨由弥、二十歳。それを捕縛する縛魔師・三宮悠太郎、十八歳。縛した妖物を滅する破魔師・卯月千代、十六歳。さらに強大な力を持つ、千代の師匠で初恋の相手、渡海晴久（二十二歳）は妻を妖物に殺され腑抜け状態。妻は天羽政仁室長（二十八歳）の妹だった。人間界と魔界の遮断を図る威圧的な天羽に反発する須磨は、ひょんなことから魔性と噂される吉原一の花魁・六花と恋仲に…。