一夜にして森が消え、周囲が海になってしまった伝説の島イル・サン・ジャック。ミチルとロイディがこの島の宮殿モン・ロゼを訪れた夜、曼陀羅の中で首を落とされた僧侶の死体が見つかる。いったい誰が頭を持ち去ったのか。かつてある街の塔で出会った美しい女王と、ミチルの謎は解かれ、そして、新たな謎へと引き継がれていく…。