コールドスリープにより、数千年後の未来に目覚めた明久。人類は汚染された地球を生き抜くため進化を遂げるが、男子の数は極端に少なくなっていた。明久は『侵略体』と戦う防衛兵器“女神”の力を増幅させる“原種人類”として遺伝子の提供を迫られることに。そんな状況で、明久とともに眠りについていた妹の朱乃も目覚めを迎えた。ブラコン気味の朱乃と、花嫁候補たちに見守られながら、“女神”に乗り込み様々な実験を続ける明久だが、遺跡発掘という任務の中、“女神”に搭乗していたルコットとともに、二人きりで閉じこめられてしまい…？