ニルスとベーリットはいとこ同士。ふたりがレターブックの交換をはじめたときから、奇妙なことばかり起こるようになった。ふたりのことをなんでも知っているなぞの女ビッビは、世界中の古くてめずらしい本を集めているらしい。ビッビだけがその場所を知っている「ふしぎ図書館」にはまだ誰にも書かれていない本が収められているという。彼女はいったい何者？レターブックをつけねらうはげ頭の男のたくらみは？フィヨルドと氷河に囲まれた美しい小さな村を舞台に、これから書かれる本を探してふたりの冒険ははじまった。