突如、地球への侵攻を開始した未知の異星体ジャム。これに対峙すべく人類は実戦組織ＦＡＦをフェアリイ星に派遣、特殊戦第五飛行戦隊に所属する深井零もまた、戦術戦闘電子偵察機・雪風とともに熾烈な戦闘の日々を送っていた。だが、作戦行動中に被弾した雪風は、零を機外へと射出、自己のデータを最新鋭機へと転送するーもはや人間は必要ないと判断したかのように。人間と機械の相克を極限まで追求したシリーズ第２作。