感応端末へのジャミングという粛清者の攻撃を受け、大混乱に陥ったモルダー星系防衛軍。だが恵一は、ただちに音声と映像による通信ラインを確保すると、少将心得として途上種族の全独立艦隊に対して指揮権を発動し、敵の新たな転移ポイントへの出撃を命じた。しかし粛清者たちは、この星系を破滅へと導く、怖るべき新兵器を転移させてきた！はたして防衛軍は、惑星モルダーの１２０億の人類を守りきることができるのか！？