２０３Ｘ年３月、航空宇宙自衛隊宇宙作戦群第四宇宙作戦隊の観測班長である加瀬修造は、地球軌道上の機能停止衛星やデブリの異常な機動を観測する。それはナノサイズのブラックホールがかすめたとしか考えられない現象だった。宇宙作戦群本部の宮本未生群司令官補佐は、内閣危機管理室直属の機関である国立地域文化総合研究所（ＮＩＲＣ）の大沼博子に密かに情報を流す。だが世界各地ではすでに不穏な事態が進行しつつあった。